Estoniyanın qorunan əraziləri 21 aprel 2004-cü ildə Estoniya parlamenti tərəfindən qəbul edilmiş və 10 May 2004-cü ildə qüvvəyə minmiş Təbiəti Mühafizə Qanunu (est. Looduskaitseseadus) tənzimlənir.[1][2]
Qanuna görə, qorunan ərazilərə insan fəaliyyəti ilə dəyişdirilməyən bir vəziyyətdə saxlanılan və ya təbii mühitin qorunub saxlanıldığı, bərpa edildiyi, tədqiq
edildiyi və ya tanıdıldığı yerlər və xüsusi tələblərə əsasən istifadə olunan ərazilər daxildir.[1] Aşağıdakılar qorunan ərazilərdir:
§10.1-də göstərilir: Sahə Respublika Hökumətinin qərarı ilə mühafizə olunan ərazi və ya xüsusi mühafizə zonası kimi mühafizə altına verilir.[1]
Bundan əlavə, qanun yaşayış yerlərinin qorunması üçün müəyyən edilmiş, qorunması üçün planlaşdırılan fəaliyyətlərin təsiri qiymətləndirildiyi və yaşayış yerlərinin əlverişli qorunma vəziyyətinə zərər verə biləcək fəaliyyətlərin qadağan olunduğu aşağıdakı xüsusi mühafizə sahələrini elan edir:[1]
Estoniya SSR -nin dövründə zapovedniklər ("elmi təbiət qoruğu") kateqoriyasına aid edilən beş qorunan ərazi mövcud idi: Vilsandi, Viidumäe, Endla, Nigula və Matsalu.